Frojdi besonte se termi kompleksi i Edipit vlen si për djemtë ashtu edhe për vajzat, megjithëse shfaqet në mënyra të ndryshme. Në teorinë psikoanalitike, kompleksi i Edipit lidhet me dëshirën e pavetëdijshme të fëmijës për marrëdhënie seksuale me prindin e gjinisë së kundërt, veçanërisht me lidhjen e fortë të djalit ndaj nënës. Kjo dëshirë shtypet në nënvetëdije, por sipas Frojdit, ajo vazhdon të ndikojë në sjelljen dhe formimin e personalitetit të fëmijës. Frojdi mendonte se kompleksi i Edipit ka rol kyç në fazën fallike. Përfundimi i suksesshëm i kësaj faze nënkupton identifikimin e fëmijës me prindin e së njëjtës gjini, çka çon në formimin e identitetit të pjekur seksual.
Në këtë periudhë, fëmija zhvillon tërheqje ndaj prindit të gjinisë së kundërt dhe ndjen rivalitet ndaj prindit të së njëjtës gjini. Djali dëshiron “ta ketë” nënën për vete dhe e sheh babain si kundërshtar. Ai shfaqet gjatë fazës fallike, midis moshës tre dhe pesë vjeç dhe konsiderohet vendimtar për formimin e identitetit seksual. Frojdi besonte se çdo fëmijë kalon këtë fazë si pjesë normale e zhvillimit. Disa nga shenjat janë lidhje e tepruar me njëri prind, fiksim emocional ndaj njërit prind, ndjenja armiqësie ndaj prindit tjetër, xhelozi dhe posesivitet. Sjelljet që mund ta tregojnë këtë përfshijnë zemërim ose armiqësi ndaj “rivalit”, xhelozi kur “rivali” tregon afeksion ndaj prindit të dëshiruar, deklarata si “dua të martohem me mamin”, përpjekje për të tërhequr vëmendjen e prindit të dëshiruar.
Për vajzat ekziston termi kompleksi i Elektrës, që nënkupton dëshirën e vajzës për babain dhe xhelozinë ndaj nënës, term i futur nga Karl Jungu. Frojdi megjithatë besonte se kompleksi i Edipit përfshin të dy gjinitë, por shfaqet ndryshe. Ai mendonte se vajza, kur kupton se nuk ka penis, zhvillon të ashtuquajturën “zili ndaj penisit” dhe zemërim ndaj nënës, që e ka “dërguar në botë pa mjaftueshëm pajisje”. Më vonë, ky zemërim shndërrohet në identifikim me nënën dhe përvetësim të tipareve të saj. Ky aspekt i teorisë së Frojdit për seksualitetin femëror është kritikuar më së shumti. Psikoanalistja Karen Horney e kundërshtoi idenë e “zilisë ndaj penisit” dhe propozoi të kundërtën; se burrat, në fakt, ndiejnë “zili ndaj mitrës”, pasi nuk mund të lindin fëmijë. Edhe vetë Frojdi pranoi më vonë se nuk e kuptonte plotësisht psikologjinë femërore.
Në çdo fazë të zhvillimit psikoseksual, fëmija duhet të zgjidhë një konflikt për të formuar një personalitet të shëndetshëm. Në fazën fallike, kjo nënkupton identifikimin me prindin e së njëjtës gjini për të tejkaluar përplasjen e brendshme. Sipas Frojdit, konflikti zgjidhet përmes ndërveprimit mes id-it (instinktit primitiv që kërkon kënaqësi të menjëhershme) dhe egos (pjesës realiste që ndërmjetëson mes dëshirave dhe realitetit). Edhe pse djali mund të dëshirojë të “heqë qafe” të atin, egoja e pengon, pasi ai e di që babai është më i fortë dhe ndaj tij ndjen edhe dashuri e respekt.
Frojdi mendonte se djali në këtë fazë zhvillon frikë nga kastrimi, frikë se babai do ta ndëshkojë për dëshirën ndaj nënës, duke i “hequr” organin seksual. Për të kapërcyer konfliktin, fëmija identifikohet me babain, dhe kështu formohet superegoja; autoriteti moral i brendshëm që përfaqëson figurën e brendësuar të prindit. Superegoja kontrollon instinktet e id-it dhe udhëzon egon drejt idealeve morale. Sipas Frojdit, superegoja e fëmijës ruan karakterin e babait, ndërsa ndjenjat e kompleksit të Edipit shtypen në pavetëdije. Normat shoqërore, fetare dhe kulturore ndihmojnë më tej në këtë shtypje, duke formuar ndërgjegjen morale. Në disa raste, ndjenjat e papërpunuara mund të çojnë në ndjenja të pavetëdijshme faji që ndikojnë në sjelljen e të rriturve.
Nëse fëmija nuk e kapërcen këtë konflikt, mbetet i “fiksuar” në atë fazë zhvillimi. Frojdi besonte se djemtë mbeten emocionalisht të lidhur me nënën, ndërsa vajzat me babain. Në moshë madhore, kjo mund të manifestohet si varësi emocionale e tepruar ndaj prindit të gjinisë së kundërt ose si vështirësi në krijimin e marrëdhënieve të pjekura romantike.