Egnatia ka njohur rivalët në fazën e Ligës së Konferencës. Pas kualifikimit historik në fazën finale të këtij kompeticioni, kampionët mësuan mesditën e kësaj të premte edhe rivalët e tyre. Kështu danezët e Midtjylland, Universiteda Kraiova dhe Braga janë padyshim rivalët më të fortë me të cilët djemtë e drejtuar nga Nevil Dede do të përballen në këtë faze. Krahas tyre skuadra e Egnatias do të sfidojë edhe Arhus, Linkol Red Imps dhe Kauno Zalgiris.
Për të tretin vit radhazi, Conference League do të garojë në fazën e ligës me formatin e ri, 36 skuadra dhe një renditje e përgjithshme. Secili nga 36 ekipet do të luajë 6 ndeshje kundër rivalëve të ndryshëm, 3 në shtëpi dhe 3 jashtë fushe. Ekipet nga i njëjti vend nuk mund të përballen drejtpërdrejt me njëra-tjetrën në këtë fazë dhe çdo klub mund të përballet me një maksimum prej dy kundërshtarësh nga e njëjta shoqatë kombëtare. Tetë skuadrat e para në renditje do të kualifikohen direkt në 1/8-at, ndërsa ekipet nga vendi i 9 deri në të 24-tin do të luajnë në play-off për një vend në fazën me eliminim direkt. Skuadrat nga vendi i 25-të e deri në të 36-in eliminohen nga gara. Faza e ligës së Conference League do të fillojë më 15 tetor 2026, ndërsa finalja do të luhet më 2 qershor 2027 në stadiumin e Besiktasit në Stamboll.